A Zala vármegyei Hahóton született Kelemen Ferenc néven, Kelemen Ferenc kovácsmester és Jankó Lóri fiaként. Édesapja 1883. december 31.-én hunyt el, fia születése előtt másfél héttel. Középiskolába Keszthelyen járt, majd 1903-ban belépett a bencés rendbe, teológiát Pannonhalmán tanult; tanári képesítést a Budapesti Tudományegyetemen szerzett. 1910 és 1916 között Pápán tanított, majd Nyalkán plébánosként működött. 1928-tól Győrött gimnáziumi igazgató, majd 1933–1947 között Pannonhalmán főapát volt. 1945-ig tagja volt az MTA-nak és a felsőháznak. 1947-ben Brazíliába távozott.

1944-ben, a Szálasi-kormány idején a pannonhalmi főapátság épületegyüttese a Nemzetközi Vöröskereszt égisze alatt gyermekmenhelyként is működött. A személyzeten kívül 760 fő, köztük 418 gyermek kapott ellátást és menedéket; fiatal leventéket, bujkáló zsidókat és szökött katonákat is befogadtak. Kelemen Krizosztom főapát lakásában a Gestapo október 25-én sikertelen házkutatást tartott. Nyilasok később is zaklatták, de a pártfogoltakat nem adta ki. November végén aláírta a Szálasinak küldött, „a Dunántúl megkímélését célzó egyházfői memorandumot”.

1947-ben külföldre távozott. 1949-től tagja volt az Emigrációs Nemzeti Bizottmánynak. A rendszerváltoztatás után hamvait hazahozták, s a Pannonhalmi Bazilikában lelt végső nyugalomra.

Egyházi és szépirodalmi munkái a vidéki és a fővárosi lapokban jelentek meg. Írásaiban főleg az ifjúság nevelésével foglalkozott.